La gita scolastica a Kyoto si è finalmente conclusa, e Negi torna alla sua vita di tutti i giorni. Qualcosa però è cambiato in lui: le esperienze fatte durante la gita e l'aver visitato la casa in cui visse suo padre l'hanno stimolato al punto da fargli prendere un'importante decisione: per diventare più forte chiederà ad Evangeline di allenarlo! Inoltre, il giovane professore ha ricevuto una complessa mappa dell'Istituto Mahora, i cui dati sono però scritti in un codice incomprensibile. Nel frattempo, Asuna fa uno strano sogno in cui rivede se stessa, da piccola, insieme al Thousand Master...