Shiro Emiya è l’unico bambino sopravvissuto a uno spaventoso incendio che ha causato centinaia di vittime, e a causa del quale ha perso casa e famiglia. Viene adottato dal suo salvatore, il misterioso Kiritsugu, e trascorre con lui dieci anni. Al liceo è uno studente disponibile che non si rifiuta mai di aiutare le persone in difficoltà, finché una sera, dopo aver provveduto a una riparazione presso il Club Sportivo di Tiro con l’Arco, viene attirato da strani rumori provenienti dal cortile della scuola. Avvicinatosi all’area, scorge due individui armati intenti a duellare, e questo lo scaglia all’interno di un vortice che lo vedrà al centro di una guerra segreta che ruota al Santo Graal!