Di fronte a Shiki e compagni si parano gli uomini dell’Esercito della Federazione Galattica, che li considerano dei nemici per il solo fatto di avere dei legami con Elsie! Homura viene imprigionata e Shiki, in preda alla rabbia, si scaglia contro Justice. Intanto Hermit, che si è diretta con Weisz al server satellitare da cui proviene il virus che ha fatto impazzire le macchine, incontra il professor Muller e rivive il trauma del passato...