L’unica chiave per fermare Shishio è calarsi nella sua mente assassina e la sola persona in grado di farlo è Kenshin, o meglio Battosai, che prontamente indovina il terribile piano segreto del nemico: mettere a ferro e fuoco Kyoto per colpire al cuore un’altra città, ovvero Tokyo. Ha così inizio una corsa contro il tempo per impedire che si ripeta una nuova catastrofe, analoga a quella che dieci anni prima aveva messo in ginocchio l’intero Giappone...