Nella città-studio, Toma Kamijo è un liceale come tanti, ma con la sua mano destra è in grado di annullare qualunque potere anomalo. La sua vita prende una piega assurda il giorno in cui trova (stesa sul suo balcone) la suora bambina Index, custode "mnemonica" di ben 103.000 grimori di proprietà della Chiesa Puritana d'Inghilterra... A quanto pare, qualcuno in grado di interferire dall'esterno con il campo di dispersione A.I.M. ha trasformato Hyoka Kazakiri in un angelo che incombe sulla città-studio. Toma e Index cercano di scoprire chi si cela dietro questo insolito fenomeno per porvi fine, difendendo a tutti i costi l'incolumità della loro amica...