Indagare in segreto e studiare piani precisi per far sparire i bersagli senza lasciare tracce: è questo lo stile degli Uomini in Nero. Nella sua continua lotta contro la misteriosa organizzazione, Conan sa di poter contare su degli alleati, ma non può certo fidarsi di chiunque. Masumi Sera, ad esempio, col suo curioso interesse per Haibara e il giovane detective... Quale sarà il suo vero obiettivo?