Accompagnato da Asuka, Shinji si reca da Misato Katsuragi. Il ragazzo viene condotto al quartier generale della Nerv, collegato ai sotterranei della chiesa della sua scuola, e lì si trova davanti uno spettacolo incredibile: suo padre Gendo, che teoricamente dovrebbe essere scomparso, è proprio lì, davanti ai suoi occhi.