Dopo essersi impossessato di un Eva, Shinji Ikari decide di combattere contro gli Angeli. Ma il ragazzo, dopo aver assistito a una conversazione tra Kaworu Nagisa e Rei Ayanami, comincia a nutrire dubbi su se stesso. Teme infatti di essere un intralcio per i suoi amici, qualora decida di unirsi a loro. È proprio allora che Kaworu va in visita a casa di Shinji; e i segreti di Kaworu vengono così alla luce. Il secondo episodio della nuova saga scolastica legata al mito di NEON GENESIS EVANGELION.