Shinji Ikari frequenta l’Accademia della Nerv e la sua vita trascorre tranquilla ma alquanto noiosa. Una notte, però, nei pressi di un distributore automatico, vede Rei Ayanami e un altro ragazzo mai visto prima fuggire dalla scena di una violenta esplosione. Ma la cosa più sorprendente è che il ragazzo sconosciuto se lo ritroverà il giorno dopo come compagno di classe alla nerv. Il suo nome è Kaworu Nagisa e Shinji cercherà di scoprire quale mistero lo lega a Rei. Ma ben presto si troverà coinvolto nella lotta contro gli Angeli, al fianco di Rei, Asuka e il misterioso Kaworu. Inizia una nuova serie legata al mito di Neon Genesis Evangelion