D.Gray-Man Vol. 3 porta Allen Walker e Lenalee in una città dove il tempo sembra essersi fermato. Gli abitanti rivivono lo stesso giorno senza rendersene conto, mentre solo una donna di nome Miranda è consapevole dell’inquietante ripetizione. Tra misteri, Akuma e fenomeni legati all’Innocence, i due esorcisti dovranno scoprire cosa si nasconde dietro questa anomalia temporale e salvare la città dalla minaccia del Conte del Millennio.