L'umanità, attaccata da una misteriosa creatura ostile, rischiava di estinguersi; tuttavia, grazie all'intervento delle Magical Girl, è riuscita a sopravvivere. Tre anni dopo, una nuova minaccia mette in pericolo il mondo e Asuka, leader delle Magical Girl che sperava di essersi lasciata le difficoltà della guerra alle spalle, dovrà impugnare di nuovo le armi per combattere!