Un incarico sotto copertura a Shanghai fa rincontrare Kusanagi con una rivale dei tempi della guerra, in un intreccio di lealtà mutevoli. Togusa e Saito partono per una missione finalizzata a infiltrarsi in una gang di bio-suprematisti, senza vantaggi cibernetici. Un ladro di dati che vive in ciò che resta degli Stati Uniti ritrova una vecchia fiamma e finisce per farsi trascinare in un tragico vortice che nessuno dei due può arrestare. Un'immersione profonda nella mente di una criminale costringe il maggiore Kusanagi a interrogarsi sulla natura stessa dell'immaginazione, e sulla propria identità... In questa raccolta interamente a colori, un team di maestri del fumetto provenienti da varie parti del mondo filtra, attraverso la prospettiva del ventunesimo secolo, le questioni dell'identità umana e del confine tra mente e macchina che hanno fatto di The Ghost in the Shell un manga di culto.