Dopo decine di anni, il grande autore Leiji Matsumoto ha ripreso in mano uno dei suoi capolavori, dandogli un seguito. Da questo volume, il viaggio del treno più misterioso dell'universo ricomincia. Maetel ritrova Tetsuro, condannato a vivere nella sua stanza per tutta la vita, lo libera dalle catene, e lo invita a salire di nuovo sul 999. Questa volta l'obiettivo è un nemico da sconfiggere. Non si sa nulla, se non che sta pian piano impossessandosi delle galassie...