Ai Haibara, la nuova compagna di classe di Conan, è in realtà la scienziata che sintetizzò il veleno Apotoxin 4869, trasformata anche lei in una bambina dopo avere ingerito la sostanza. Grazie alle nuove informazioni di cui è entrato in possesso e all’aiuto di Ai, Conan è ora ancor più motivato a distruggere l’organizzazione e trovare un antidoto che lo faccia tornare a essere Shinichi!