Un’indagine di ordinaria amministrazione affidata a Kogoro porta casualmente sulle tracce dei pericolosissimi uomini in nero: Conan e l’F.B.I. devono scoprire chi è il loro bersaglio e trovare il modo di recuperare la microspia che è accidentalmente finita sotto la scarpa di uno di loro, altrimenti i sospetti cadranno su Kogoro mettendo a rischio la vita di tutti quelli che gli stanno intorno...