Nelle profondità dello spazio, un pirata combatte sotto la bandiera del teschio. A bordo della potentissima astronave Arcadia, con il supporto di una ciurma di individui eccezionali, Harlock ha deciso di ribellarsi all’imbelle e corrotto governo terrestre, e di combattere contro le misteriose Mazoniane per difendere l’umanità.