Universal Century 0096. A pochi anni dalla conclusione del conflitto contro Neo Zeon, il desiderio d'indipendenza degli spazionoidi è ancora forte e il gruppo terrorista noto come "Maniche" cerca di impossessarsi del misterioso Scrigno di Laplace. I ribelli agiscono e, nonostante i tentativi della principessa Audrey e dello studente Banagher di fermarli, il piano riesce. Una nuova guerra esplode, mentre Banagher entra in possesso del potentissimo Gundam Unicorn...