Jonathan Hawk, membro della Confraternita degli Assassini, eredita il "dossier 24" dalla squadra di Desmond Miles: dovrà recuperare il Frammento dell'Eden n. 24. Grazie al suo retro-soggetto "El Cakr", Hawk conduce parallelamente le indagini nel 1340, in Egitto. Ma anche i Templari sono sulla pista di questo prezioso artefatto.