Mikan, cresciuta in un paesello di campagna, ha una grande amica, Hotaru, che però improvvisamente si iscrive a una nuova scuola, a Tokyo, e lascia il paese... Mikan decide allora di seguirla alla fantomatica "Alice Academy", una prestigiosa scuola destinata esclusivamente a bambini prodigio con dei talenti molto particolari...! Una commedia scolastica ricca di magie e misteri sta per avere inizio!